变性人虽然是现代流行的一个术语，但它有悠久的历史，可以追溯到中国古代的太监，泰国的人妖。西方变性科学的发展以及各国变性手术的开展，形成了现代变性科学和变性手术的繁荣现状。
1 中国古代的太监
变性人最早起源于中国的太监。据专家考证，中国早在殷商就有“寺人”，甲骨文中已有相关的记载，历史比西方悠久。西方直到希腊文明晚期才有“阉人”记载，《圣经》马太福音第十九章中记载：“他是天生的阉人，有被人阉的，也有为天国而自阉的”。阉割后的形体，也带有女性特征：溜肩，肥臀，嗓音细哑，不生胡须。但这只是最原始的变性人。
2 泰国的人妖
相对于中国古代太监来说，泰国的人妖大多是那些失去双亲或家庭收入很低的几岁男孩，为求生而被卖并作变性手术而使体形与长相变成女孩的摸样，经过严格训练及各种激素催化最后变成人妖。关于泰国人妖的产生，有不同说法：一是从印度的“阉人”演变而來，印度阉人的历史，可以追溯到16世纪初在印度北方形成的莫卧儿伊斯兰教国家；二是从泰国本身历史来解释该现象，泰国性文化悠久泛滥，泰国女子对待性生活的态度与中国截然不同，色情文化导致同性恋现象剧增，便使得一部分男人渐渐朝女性化发展，逐渐地人妖这种特殊产物便滋生起来；三是泰国人妖起源于二战，美国驻泰国士兵召妓，家中"有女孩的父母就使孩子变性，以赚取美军的钱；四是一个站不住脚的解释，泰国娱乐业发达，女孩子可以在娱乐场所十分容易找到工作；五是，人妖并非泰国特产，人妖最早发源于新加坡，新加坡当时的李光耀总理认为有失面子，后来政府下“逐客令”强制取缔赶走后就传入泰国；六是人妖最早起源于中国，原本的定义是为“片精”(同性恋)因某种心理缺陷而产生负荷尔蒙以致造成自我性别系统错乱。
3 西方变性科学的发展
在西方，古典神话和历史、文艺复兴、19世纪历史和文化人类学描述提到了变性人现象长期并广泛深入地存在。易性癖在19世纪被诊断前已有很长历史，而现代诊断开始于19世纪80年代，在德国创设了性科学。1886年一位名叫克拉夫特·埃宾(Richard von Krafft Ebing)的德国医生开始研究同性恋中的性分支，他创造了一个术语“gynandry”(雌雄同体性)来描述这种现象。1902年，他描述为“变形性妄想狂”，认为自己是异性，但埃宾认为，除了同性恋，这还纯粹是一种错觉和精神疾病。
尽管埃宾的研究第一次触及变性话题，但该领域真正的先驱是马格努斯·赫希菲尔德(Magnus Hirschfeld)博士，他是位同性恋医生，研究性与性别，并第一个创设了最流行的两个术语来描述变性：易装癖和易性癖。1910年，他写出了两卷专论，详细描写了几位性别变异者的传记，这些人如今可以归类为变性人。1923年他将这种现象称为“心理易性癖”。1919年他在柏林设立了性科学研究所，这是世界第一家性科学研究所。9年后，在哥本哈根，他与若曼·希尔设立了“世界性研究联合会”。1930年他在心理治疗进步协会上致辞，就易性癖发表了第一份科学演讲(赫希菲尔德在20世纪初开始探索手术方案)。维也纳一位医生乌根·斯登拉克(Eugen Steinach)(他1940年写了《性与生活》一书，有40年生物学和医学的实践经验)实验性腺移植试图治愈各种性障碍(从同性恋到易装癖)。他早期论文详细描述了他对几内亚猪种的移植实验，他是第一位将性腺的作用理论化的人。20年代和30年代，内分泌学的繁荣发现了雄性激素和雌性激素，1918年斯登拉克报告了1912年于柏林进行的第一例不完全的女变男的性别置换手术。1916年Max Marcuse出版关于变性欲望的论文。1926年，R.Muehsam报告了1920年赫希菲尔德叫第一位男变女的病人求助于一位外科医生Felix Abraham博士。1921年，第一位私人外科医生Gohrbandt在柏林开始实施早期形式的性别置换手术。
这些性置换手术的早期尝试是不完全的，通常只简单地将性器官从病人身上切除。后来几年有很大改进，最著名是第一次子宫移植尝试，一开始子宫移植是从大腿或下腹部提取皮肤来进行的，后来20多年没有进一步发展。第一例男变女的性别置换手术报告于1931年，这是建立在赫希菲尔德和其两位同事(Levy-Lenz和Felix Abraham博士)推荐基础上的，病人Rudo Iph Richter，后来以女性名字Dorchen生活，在赫希菲尔德的研究所做女仆生活工作了10多年，1922年Richter进行阉割，1931年进行阴茎切除和人工阴道重置。也是那年，Abraham博士报告两男性进行变性手术的详细情况。
1930年春，赫希菲尔德提到的Lili Elbe(之前是荷兰画家Einar Wegner)在德累斯顿由Gohrbandt进行性别重置手术，她第二年因手术并发症而死，但之前并没有报道为世界第一位变性人。荷兰报纸在1930年底开始报道该消息，在她死后2年出版了她的自传《男人变成女人》。一些早期女变男变性人包括有：Claire Schrechengost HenriAcces(Alice Henriette Acces)；在1935年，一名捷克斯洛伐克长跑运动员ZdenkaK4u7k4va更名为Zdendk Koubkov;在20世纪30年代中期，一位英国运动员Mary Edith Louise Weston更名为Mark Weston;在1937年，一位比利时自行车冠军Elvira de Brujin更名为Willy de Brujin。
1933年5月6日，赫希菲尔德的性科学研究所被纳粹分子搜捕和摧毁，赫希菲尔德在被放逐两年后逝世。性科学的作品被烧毁，性科学家遭到迫害，很快，甚至他的世界性研究联合会也被解散。由于欧洲的政治事件，性别置换手术被放置一边，只进行了少数的性别置换手术，直至后面10年。丹麦和挪威医院的工作被德国停止。但二战早期也是医学进步的时代，给未来的变性人很大帮助。这时，第一次雌性激素可以使用，在1938年首次用于鸡食。在1944-1945年，一位英国外科医生Har43dGi33ies对Michae3Di334n进行了一些最初的手术(原名3aura)，他使用战时移动手术技术，后来证实为女变男手术的至关紧要的进步。
整个20世纪30年代偶尔出现的一些文章详细描述了各种变性手术，但是没有真正吸引公众的视线。1941年，出现了几则关于Edward Richards的事迹，他走向法院合法地成了Barbara Ann Richards，后来，Richards旅行到国外进行了变性手术。但是直到40年代晚期和50年代早期，易性癖才进入公众视线。那是在1952年第一位美国人Christine Jorgensen进行了变性手术，他旅行到哥本哈根，外科医生Paul Fough-Anderson和Erling Dahl Iversen对他进行初始性别置换手术。那年12月1日，纽约日报以头版头条登载了该事迹：“Ex-GI成了金发美女”。除了这些新闻报道外，紧接着1933年由Lili Elbe开始，变性人开始讲述自己的故事。Michael Dillon(一位女变男变性人)1946年亲自讲述了自己的案例《伦理与内分泌学研究》。Jorgensen在1967年写了自传。脱衣舞艺术家Hedy写了《我改变了性别》，英国一位著名的变性人Roberta Cowell也写了自传。一部试图投资于变性人的电影《Glen or Glenda》却是个十足的失败，广泛认为是最糟糕的电影。尽管变性很流行，它仍对普通公众保持神秘，它偶然偏离公众视线仍被感觉论和怀疑所阻碍。
然而，在科学团体中消息广为流传的是1949年大卫·奥·歌德威尔(David O.Cauldwell)在期刊《性科学》的一篇文章《易性癖变态人格》，该文章错误地被认为创造了一个术语“易性癖”。但歌德威尔是手术矫正的反对者。
1953年哈里·班杰明(Harry Benjamin)博士在国际性学杂志发表文章《易装癖与易性癖》，班杰明博士在1949年用荷尔蒙疗法治疗变性人。作为Jorgensen公开的直接结果，性别置换手术数量在上半世纪只是一小部分，但得到了显著发展。欧洲外的外科医生开始提供性别置换手术。提华纳和卡萨布兰卡开设了一些著名医院。在卡萨布兰卡一位名叫Georges Burou博士的外科医生开始在1953年进行性别置换手术。他首先在子宫植入阴茎，直到现在还在使用。