首先，在转基因作物出现前，许多传统作物种就已经开始使用除草剂了，而不是因为转抗除草剂基因的出现，才有除草剂的问题。
其次，杂草防治是农业生产中不可缺少的环节，尤其在发达国家的现代集约化大农场，播种后通常要喷洒土壤处理除草剂。对漏网的杂草，还需要进行茎叶处理。抗(耐)除草剂转基因作物首选了草甘膦和草铵膦两种广谱除草剂为对象，从而降低了除草成本、提高了除草效果、减少了药害。美国种植耐草甘膦的大豆，比常规方法每公顷除草剂用量减少9%—39%；而加拿大种植了耐草铵膦的作物也降低了除草剂用量。从实际应用看，转基因不仅没有增加除草剂的施用量，还减少了除草剂的施用量。
同时，转基因抗（耐）除草剂作物的大面积种植，使得传统毒性较大的二苯醚类除草剂（如三氟羧草醚、氟磺胺草醚、乙羧氟草醚）以及芳氧苯氧基丙酸类和环己烯酮类除草剂等的市场迅速萎缩。此外，土壤处理除草剂如酰胺类（包括乙草胺、甲草胺、异丙甲草胺等），二硝基苯胺类（如氟乐灵、除草通等）的需求量也同时减少。由于上述各类除草剂毒性都较大，转基因抗除草剂品种的种植对降低农业活动引起的环境污染，起到了积极的作用。
另外，除草剂的毒性是由专门的管理机构如WHO（世界卫生组织）、FAO（联合国粮农组织）以及各国科学机构来评价的。草甘膦和草铵膦属新一代除草剂，其毒性非常小，从而降低了食用安全风险和环境安全风险。比如草甘膦不具有任何致突变、致畸及发育毒性，比传统除草剂的毒性低了100倍以上。
草甘膦和草铵膦对环境的影响也较小，它们在土壤中能够迅速降解，从而降低了除草剂流入地表水中的危险，几乎无水污染的潜在危险。
转基因抗除草剂作物有助于采用保护性耕作。自从使用耐除草剂大豆以来，美国的无耕作大豆耕种面积已经提高35%。阿根廷也有类似的提高。保土耕作技术的推广降低了能耗和农机投资，减少了表面土壤流失，提高了水的利用率并且提高了土壤中有机质的含量。
种植转基因抗（耐）除草剂作物可以采用窄行间距种植，大豆的行间距从76厘米缩小到33厘米或更小。密植使作物的顶冠更快地闭合，改善或提高作物与杂草的竞争力，从而达到增产的目的。
目前国外的农业均是集约化大规模的现代农业，农业活动专业化、机械化程度很高，并遵循严格的技术规范，不像中国以家庭为单位的小型分散农业，各家各户的农民可以随心所欲。因此，擅自加大剂量或滥用除草剂的可能几乎没有。（生物谷 Bioon.com）
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