2010年3月，欧盟执委会(European Commission)许可转基因马铃薯Amflora种植，不过，这种马铃薯并非提供食用用途，而是制成动物饲料。这是自1998年以来，欧盟第一次开放转基因作物种植，此外，过去经核准的MON863玉米也获得进口至欧洲的许可证，并可在欧洲加工制成饲料。
欧盟目前已经许可种植的基因改造作物，包括：一种转基因甜菜、三种转基因黄豆、三种转基因油菜、六种转基因棉花与17种转基因玉米产品。
目前，基因改造生物(genetically modified organism)的种植或释出，存在欧盟层级的许可机制，其系根据生技公司申请时，所称的特定使用为基础，就个案的人体健康与环境风险评估进行判断。
根据第1829/2003号转基因食品与饲料规则(Regulation No 1829/2003 for GM food and feed)，基因改造生物若作为食品与饲料产品的来源材料，可经申请许后进行种植或养殖。
除了作为食品或饲料外，基因改造生物也可以在取得许可后，蓄意释出在环境中。在两种情形下，会员国政府将扮演重要的角色，负责进行最初的基因改造生物种植或养殖生物的风险评估。
共存规定须转基因成分不超过0.9%
尽管如此，会员国中对转基因作物(主要是MON810转基因玉米)，在境内采取预防措施(safeguard measure)及禁止种植的国家不在少数，目前包括：奥地利、匈牙利、法国、希腊、德国与卢森堡等6国均是如此作法。
此外，接受基因改造作物种植的国家，不乏采用共存制度者。共存措施的目的是为了预防基因改造生物在其它产品中的非蓄意出现(unintended presence of GMOs)，而导致传统与有机农业的经济损失。
目前，既有的共存规定系与转基因成分不超过0.9%的基因改造生物标示规定进行连结，即各会员国共存、互惠的措施，同时，也要遵守上述0.9%的规定，例如，转基因与非转基因农田的距离，要能够使非转基因农田中作物的转基因成分不超过0.9%。
根据欧盟执委会在2009年出版的“转基因作物与传统与有机农业共存之国家策略报告”(the second report on national strategies for coexistence of GM crops with conventional and organic farming)指出，目前，有15个会员国立法采纳共存制度，同时，有3个以上的会员国正在草拟共存制度。
同时，欧盟也开始检讨其基因改造作物的许可政策与共存措施。2010年7月13日，欧盟执委会提案全面检视欧盟基因改造作物(genetically modified crops)的许可政策。
会员国自行决定享有限制或开放
种植或养殖基因改造生物
本次的提案包括两份文件及一个修正草案：分别为转基因作物与传统或有机作物共存的沟通(Communication)文件与建议(Recommendation)文件，及修改基因改造生物立法的草案。
在有关共存的新建议中，允许会员国在通过共存措施时，更有弹性地考虑其地方、区域与国家的情况。
而法规修正草案则是对2001/18/EC指令进行修订，估计在指令中增加新的条文(Article 26b)，授予各会员国允许、限制或禁止在其部份或全部领土内栽种或养殖转基因生物的自由。
但若实行禁止的决定，其禁止措施与其所追求的非根据科学证据时，仍必须得到欧盟机构的核准。本次提案若通过，将会取代2003年，国家共存措施的执委会指引(2003 Commission guidance on national co-existence measures)。
执委会委员指出，本次开放会员国自行决定享有限制或开放种植或养殖基因改造生物的自治权，乃考虑基因改造生物的限制对欧盟内部市场的影响，会员国应自行依据其国内情况，决定所接受的农业经济项目与活动。
