各物种基因组图谱陆续绘制成功后我们发现，人类与其他低等物种间基因组序列差别并不是想象中那样巨大。 因此，科学家将目光逐渐转向了RNA，RNA选择剪接机制可以使一个DNA序列表达出不同蛋白质，大大增加了基因表达多样性和复杂性的储量。在活细胞中研究RNA的调节一直没有很好的方法，所以RNA调节的研究也处于困境。不过，现在这一困境被美国科学家Robert B. Darnell带领的研究小组打破了。
通过改良试管中的主流技术，结合高通量技术，研究小组开发出一个新技术观测活细胞中特定的蛋白是如何调控RNA的。该技术可以让研究人员在一次实验中鉴定出每条RNA链的每一段序列所结合的蛋白。实验结果能准确判断出不同物种间RNA组差异。
研究人员称，相对于有严格拷贝数限制的DNA序列，RNA提供了一种使细胞变得更加复杂的途径，但是，不同的条件、疾病、细胞类型中，RNA是如何被调控一直难以发现。通过这一技术，现在我们就有办法来解答所有这些问题。
从活体组织中抽提蛋白-RNA复合物，传统方法是使用分子，但经常提取的只是RNA，或者是不需要的残留复合物，因为结合的蛋白太不稳固以致在纯化过程中就从（蛋白-RNA）复合物中脱落下来。为了解决这个问题，Darnell和他的团队从试管生化反应得到灵感——当这些调节蛋白结合到RNA上的那一刻立即使用分子粘合剂！这一方法应用到高通量测序就叫高通量测序-交联免疫沉淀，简称HITS-CLIP。
既然RNA和RNA结合蛋白融合在一起，研究人员就可以在剧烈的蛋白纯化过程中而真的不用担心搅拌抽提物丢失RNA，最后，只剩下结合蛋白的RNA片段，然后这些片段被送到洛克菲勒进行高通量测序，在RSSSD的帮助下，这些序列与基因组比对，找出匹配的片段，最终拼出每个转录出的RNA的蛋白结合序列的全景图。
通过利用这一技术，研究小组发现神经元中特有的RNA结合蛋白Nova2结合RNA的位点，并预测出RNA的转录结果及产生的蛋白质序列。（生物谷Bioon.com）
生物谷推荐原始出处：
Nature 456, 464-469 (27 November 2008) | doi:10.1038/nature07488
HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing
Donny D. Licatalosi1, Aldo Mele1, John J. Fak1, Jernej Ule3, Melis Kayikci3, Sung Wook Chi1, Tyson A. Clark4, Anthony C. Schweitzer4, John E. Blume4, Xuning Wang2, Jennifer C. Darnell1 & Robert B. Darnell1
1 Laboratory of Molecular Neuro-Oncology and Howard Hughes Medical Institute,
2 Biocomputing, Information Technology, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, New York 10021, USA
3 MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, CB2 0QH, UK
4 Expression Research, Affymetrix, Inc., Santa Clara, California 95051, USA
Protein–RNA interactions have critical roles in all aspects of gene expression. However, applying biochemical methods to understand such interactions in living tissues has been challenging. Here we develop a genome-wide means of mapping protein–RNA binding sites in vivo, by high-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP). HITS-CLIP analysis of the neuron-specific splicing factor Nova revealed extremely reproducible RNA-binding maps in multiple mouse brains. These maps provide genome-wide in vivo biochemical footprints confirming the previous prediction that the position of Nova binding determines the outcome of alternative splicing; moreover, they are sufficiently powerful to predict Nova action de novo. HITS-CLIP revealed a large number of Nova–RNA interactions in 3' untranslated regions, leading to the discovery that Nova regulates alternative polyadenylation in the brain. HITS-CLIP, therefore, provides a robust, unbiased means to identify functional protein–RNA interactions in vivo.
