Median of Ratio——MR（比值中间值）Mean Of Ratio（比值平均值）
定义：所有特征像素强度比例值的中间值或平均值。
生物学相关信息：此方法为测定样品的活性变化提供了另一个选择。用以计算此比值的像素分布，显示于“图像页”中的数据点查看器中（图4）。计算均值比例值的一个优点是可得到比例值的标准差，为直观地观察芯片的比例值分布提供了又一条途径。高质量的芯片用两种比例值的计算方法（整体计算与逐像素计算）得到的值将非常相似。两者之间较大的差异可能表明芯片的质量或实验的程序有问题。
图示：在数据点查看器中由黑框框出的值为单个像素的强度值。RP代表当前像素（圆圈标出的）的强度比例值；P代表两种波长（635nm、532nm）各自的强度值。
Ratio SD（比例值的标准差）
定义：数据点中所有像素的强度比例值的标准差。该数值的获得是以逐个计算像素的比例值为基础的，并且已去除背景。
生物学相关信息：Ratio SD表示当前数据点比值中间值的分布情况。在“散点图”中用Ratio SD与index作图，可更方便的根据用户的要求来选择和标记数据点（例如当Ratio SD大于3便标为“坏点”）。也可与比值中间值配合，用来验证表达差异较大的数据点，是否在数值分布水平方面也是可接受的（Ratio SD<2）。
Rgn Ratio——rR（回归比例值）
定义：计算635nm/532nm强度比例值的第三种方法。它是以两种荧光的强度（635nm，532nm）作图，并通过回归的方法确定最适曲线的斜率。
生物学相关信息：回归比例值并不区分背景像素和特征像素，在计算时也不去除背景。因此回归比例值可作为独立的参照与比值中间值、中值比例值进行比较。回归比例值在检验单个数据点的质量时很有效，这是因为由饱和像素和灰尘引起的过强信号对回归比例值的计算的影响很大。如整张芯片的回归比例值的显著大于比值中间值或中值比例值的话，则可能是PMT的设定过高或是芯片上的灰尘污染较多造成的。
Rgn R2（回归修正系数的平方值）
定义：Rgn R2是计算给定数据点的最小方差回归拟合时的一个系数，它决定了最终回归的适合度。它是回归修正系数的平方值，数值分布于0～1之间。
生物学相关信息：Rgn R2代表能用回归曲线描述的像素数占所有回归像素的比例。Rgn R2为1时代表所有的回归像素都能用回归曲线描述（像素都在一条直线上）；Rgn R2为0时代表回归曲线不能描述任何一个像素。Rgn R2能有效的表述某一数据点的一致性。点的强度不均匀（可能是样品分布不均或杂交效率低）或意外缺失某一荧光，将导致Rgn R2的值变小。在某一块或整个芯片中大量点的Rgn R2值都较低，说明可能是点样的质量较差或杂交的程序有问题。
F Pixels（特征像素数）
定义：数据点中像素的数目。请注意，这里的特征像素数指的是构成数据点的像素数，而不是数据点查看器中的特征像素强度值。
生物学相关信息：特征像素数是数据点中的可观测的像素数。
B Pixels（背景像素数）
定义：构成当前数据点背景的像素数，在数据点查看器的底部，紧接着数据像素数（F Pixels）以B＝’n’的形式显示。
生物学相关信息：背景像素数，作为一项质量控制的数值，可以与芯片上的所有的数据点进行比较。也可应用于“散点图”来进行快速评价（用index序号与背景像素数作图）。假定整张芯片上的数据点的尺寸一致的话，特征像素数与背景像素数的之间的比值应是稳定的（数目大致相差8倍）。如芯片的背景像素数异常增大（大于8倍特征像素数），说明数据点的定位圈比正常的要来的大。这种情况有可能是由于背景异常而引起的数据点的定位圈的尺寸增大，在处理时要谨慎对待。
Sum of Median（中间值之和）Sum of Mean（平均值之和）
定义：在两种波长条件下，已去除背景的像素中间值或平均值的总和。
生物学相关信息：如某一数据点的双荧光的信号都较差，则将得到较小的中间值之和。当像素强度与背景水平相当时，两种波长的中值任何微小的变化会使比例值显著的变大或变小。因此对于中间值之和较小的数据点应谨慎处理。与中间值之和相同，平均值之和也向我们提供了数据点的一部分信息。然而正如前面提到的，用平均值进行分析时，其稳定性比用中间值的要来的差些。
Log Ratio（对数比例值）
定义：中值比例值的以2为底的对数。
生物学相关信息：对数比例值提供了一个反映表达活性成倍数变化的指标。负数代表对照组样品的表达强于实验组样品；正数代表对照组样品的表达弱于实验组样品。连续整数的变化代表相对活性比增大或减少2倍。（如Log Ratio＝2，代表实验组活性比对照组强4倍；如Log Ratio＝3，代表实验组活性比对照组强8倍）
F635 Median-B635F532 Median-B532F635 Mean-B635F532 Mean-B532
定义：当前数据点的已减去背景的像素强度中间值或平均值。
生物学相关信息：这些值常应用于中值比例值或均值比例值的计算。因为已减去背景（因此不需要在脚本文件中加入额外的代码来实现去除背景的功能），所以这些数值比较适合于脚本文件的编写。在去除背景时，高背景和弱表达的数据点会受到不同程度的影响，因此这些值不应再被应用于质量控制，这时应采用635nm、532nm的中间值、平均值或中间值之和。
Flags（标记）
定义：见表格。
生物学相关信息：无。
数据点类型 是否由用户选定？ 定义 在“标记”列中的数值
Good 是 用户感兴趣的数据点 ＋100
Bad 是 不符合用户质量标准的 －100
Absent 自动 ID号在GAL文件中无法找到 －75
Not Found 自动 自动寻点时未探测到该点 －50
