在大批量分析生物分子的实验性差异时，生物芯片方法是一种十分有效的技术。一般芯片扫描仪使用激光束逐个扫过每个像素，直至微芯片上的所有点都被扫描，并被以高解析度图片的形式保存下来。接着进行便是数据提取的过程，以便将表达于芯片上的实验组及对照组的相对荧光强度数值记录下来。这牵涉到大量的计算各种双荧光比例值的步骤，也会产生大量的统计数据供进一步分析之用。
因为各种不同的实验目的，本文不特别推荐哪种数据分析方法。通常当用下列三种计算方法：中值比例值（Ratio of Median）、比值中间值（Median of Ratio）、回归比例值（Regression Ratio）能得到相近的结果时，我们便认为该数据点是可信的。本文将向你提供有助于你对结果的质量、可靠性做出判断的信息以及其它的生物学相关信息。
柱形图
在GenePix Pro的“柱形图页”中显示cy3与cy5通道的像素强度的分布。柱形图最主要的作用是评估PMT（光电倍增管基值）的设定，以确保扫描电压不被设的过高，避免像素强度达到饱和的数值~65535。同时柱形图也用来平衡cy3和cy5的信号强度，通过调节PMT电压值使红色、绿色的柱形曲线重叠。更多关于柱形图设定及图像平衡方面的信息，请参阅用户手册及在线帮助。
数据点：由GenePix Pro辨识的可显示的独立点。
GenePix Pro软件采用两种不同的散点图来提供数据点附加的视觉信息。第一种就是所谓的“特征像素分布图”（图1），绘制一个以数据点的cy3强度为x轴，cy5强度为y轴的图像。该图对于评价单个数据点的数据质量是十分有帮助的。同时特征像素分布图的对话框也显示两种荧光的中间值、背景强度、以及三种比例值。可方便的进行比较，进一步地研究有问题的点，并在必要时将其去除。（例如，三种比例值之间的差异大于10％或R2的值过低。进一步的讨论请参见第二部分。）
图1特征像素分布图
第二种位于“散点图页”中（图2），它允许用户自由选择x、y轴所代表的数据。散点图在实验图像数据重现方面的功能十分强大，特别适合用于判断“结果页”中数据的质量，并将其标记为“好点”与“坏点”。例如数据点索引号(index)/对数比例值(Log Ratio)的散点图为我们提供一个当前数据变化的直观汇总。本文的第二部分将向我们进一步提供有关散点图绘制的例子。
图2 散点图
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