A comparison of Pfam and MEROPS

本文比较了两个著名的数据库pfam和MEROPS。两者都是蛋白家族数据库，不同的是pfam是基于HMM模型构建并拓展的，因此它覆盖了几乎所有已知的蛋白质家族和Domain，非常全面，而MEROPS是一个特定的对蛋白水解酶家族进行分类的专业数据库，分类精细。这两个二级数据库在全世界范围内被研究者广泛的使用着。通过系统比较两个数据库的内容，作者希望达到这样两个目的：其一、找到两个数据库中缺失的和假阳性的部分，提高两个数据库的质量，其二、看看两者在定义蛋白质家族方面有多少一致性。