真核细胞中的线粒体被认为是和细菌一样的内共生体，数百万年前进入细胞系。一些非常原始的单细胞生物（包括几种有重要医学价值的生物，如Ｇｉａｒｄｉａ 和Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）似乎缺少线粒体，这种“无线粒体”状态被认为代表着来自在生物获得线粒体之前的一个时期的一种遗迹。这一共识受到最新研究结果的挑战。最新研究结果表明，这些生物有细胞器，被称为“氢化酶体”，它们与线粒体有一些相像之处。但关于“氢化酶体”是否在演化上与线粒体类似、或它们是否代表着一种不同的演化品系有很多不同意见。Ｎａｔｕｒｅ 杂志上最近发表的一篇论文（１０月２８号一期Ｎａｔｕｒｅ上的１１０３页）认为，Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ细胞器的生化性质表明，它们与线粒体是不同的。但在本期Ｎａｔｕｒｅ上，研究人员却以类似的数据为依据认为，二者之间关系密切。这一争论还在继续。
