由于每个个体体内的T细胞数目是有限的,而V(D)J重排过程可能产生的T细胞受体种类数很多,因此之前人们一直认为不同个体重排产生相同的T细胞受体的可能性几乎不可能。 奇怪的是,公有T细胞(不同个体在应对相同抗原时筛选出相同的T细胞受体)普遍存在于各种免疫反应中。公有T细胞使得一个种群中的不同个体在应对常见的病原菌时产生相似的抗原特异性T细胞受体,从而有利于这个种群。但是,这种相对集中的T细胞受体库很可能会限制这个种群对其他病原菌的免疫反应。如果公有T细胞反应是可以人为控制的,那将对人类健康有极大的好处。因此,研究不同个体重排产生相同的T细胞受体的机理就显得十分重要。每个个体V(D)J重排过程都能产生种类繁多的T细胞受体,这些T细胞受体组成一个T细胞受体库,而不同个体间T细胞受体库的重叠为公有T细胞的产生提供了基础。韩家淮实验室通过高通量测序技术对三只老鼠CD4(+)CD8(+)胸腺T细胞的T细胞受体库进行测序,并与信息学院吉国力老师课题组合作,运用生物信息学的方法对序列进行了分析。他们观察到两两老鼠之间有大约10%-15%的T细胞受体氨基酸序列是相同的。 这一发现改变了以前人们所认为的不同个体重排产生相同的T细胞受体的可能性极小的错误认识。他们的研究进一步阐明不同老鼠T细胞受体库的重叠在很大程度上是由于趋同重排(不同的重排方式可以产生相同的碱基序列)和重排时的倾向性。相反地,胸腺筛选似乎对受体库的重叠没有贡献。这些结果显示不同个体间公有T细胞受体主要由T细胞受体V(D)J重排过程所决定。该研究成果于2012年09月01日发表于Journal of Immunology ,2012级博士生李汉杰和信息学院博士生叶丛庭为文章的共第一作者。
此外,韩家淮课题组还在Cell Research 发表综述对公有T细胞领域进行了全面的总结,文章的第一作者是2012级博士生李汉杰。由于之前的研究表明重排时的倾向性是可以被一系列顺式和反式作用元件从遗传学和表观遗传学的层面进行调控的。因此韩家淮课题组在该综述中开创性的提出通过人为地控制重排时的倾向性来改变每个个体的T细胞受体库,从而有利于个体对抗病原菌的感染。韩家淮课题组接下来将利用已建立好的高通量测序和生物信息学分析平台研究什么刺激能够改变个体的重排库,这种改变是如何实现的,这种改变又有什么生物学功能。他们的这项研究具有高度的原创性,将有希望从根本上改变人们对免疫受体V(D)J重排的认识。(生物谷Bioon.com)
doi: 10.4049/jimmunol.1102087
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Recombinatorial biases and convergent recombination determine interindividual TCRβ sharing in murine thymocytes
Li H, Ye C, Ji G, Wu X, Xiang Z, Li Y, Cao Y, Liu X, Douek DC, Price DA, Han J.
Overlap of TCR repertoires among individuals provides the molecular basis for public T cell responses. By deep-sequencing the TCRβ repertoires of CD4+CD8+ thymocytes from three individual mice, we observed that a substantial degree of TCRβ overlap, comprising ~10-15% of all unique amino acid sequences and ~5-10% of all unique nucleotide sequences across any two individuals, is already present at this early stage of T cell development. The majority of TCRβ sharing between individual thymocyte repertoires could be attributed to the process of convergent recombination, with additional contributions likely arising from recombinatorial biases; the role of selection during intrathymic development was negligible. These results indicate that the process of TCR gene recombination is the major determinant of clonotype sharing between individuals