生物谷Bioon.com讯 科学家使用全基因组关联（GWA）方法，识别了非洲人结核易感性增加的遗传变异。这是首次在非洲人群中使用该方法识别出这种疾病的变异，表明在非洲人群中进行这样的研究也是可行的，尽管他们具有高度的遗传多样性。
这项研究是由英国牛津大学的Adrian Hill教授和德国汉堡伯恩哈德-诺赫特热带医学研究所的Rolf Horstmann教授共同主持的。研究结果发布在Nature Genetics杂志上
过去几年中，全基因组关联在识别疾病易感性增加的遗传变异方面作用显著。这类研究需要在人类基因组范围内分析成百上千的遗传标记，寻找在患者中存在的变异。
到目前为止，已有150多项不同的研究使用GWA成功识别了遗传变异，但是这其中95-98%的研究只是在欧洲人中进行的。由于非洲人的遗传多样性，很多科学家质疑是否这些研究对这类人群同样有效。
这项研究中，参与的样本有11，000多个，其中3，699个病例，7，726个对照。这些样本来自加纳，冈比亚和马拉维，研究人员通过对样本进行GWA研究，检测增加结核易感性的遗传变异。
结核病是世界上死亡率较高的一种疾病，由结核分枝杆菌引起。每年至少900万的人需要接受治疗，超过200万的人死于这种疾病。
研究人员在18号染色体上识别出了该遗传变异，发现它位于"基因沙漠"上，这是一个大多数情况下沉默的区域，我们通常称之为"垃圾DNA"（ junk DNA），表明该变异本身并不是一个基因，但是可能参与基因调控。而周围的区域看起来似乎高度保守，换句话说，相对地在一些物种中这些区域几乎没有变化。研究结果表明，该变异区域在机体功能调节方面发挥着重要的作用。
Adrian Hill教授解释说："尽管我们已经知道其他的一些遗传变异增加了结核的易感性，但这是首次使用全基因组关联方法识别的。这是非常重要的，因为它表明我们同样能够在非洲人中进行这些研究，不仅仅在欧洲人中获得成功。尽管非洲人群遗传非常复杂，但是我们相信在非洲人中增加GWA研究的样本数量将会有效。"
"非洲人口具有高度多样性，"Rolf Horstmann教授也这样表示，"以冈比亚为例，至少有7大语言群体，而每一个群体之间都存在细微的种族背景差异。但我们相信这类增加出来的复杂性能够通过增加研究的样本数量克服。"
这项研究是一个里程碑式的进步，它减轻了像全基因组关联这类方法在使用中产生的不公平性，同时可以使我们更好地理解影响非洲人健康的疾病遗传基础。（生物谷Bioon.com）
原文出处：
Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.639
Genome-wide association analyses identifies a susceptibility locus for tuberculosis on chromosome 18q11.2
Thorsten Thye,Fredrik O Vannberg,Sunny H Wong,Ellis Owusu-Dabo,Ivy Osei,John Gyapong,Giorgio Sirugo,Fatou Sisay-Joof,Anthony Enimil,Margaret A Chinbuah,Sian Floyd,David K Warndorff,Lifted Sichali,Simon Malema,Amelia C Crampin,Bagrey Ngwira,Yik Y Teo,Kerrin Small,Kirk Rockett,Dominic Kwiatkowski,Paul E Fine,Philip C Hill,Melanie Newport,Christian Lienhardt,Richard A Adegbola et al.
We combined two tuberculosis genome-wide association studies from Ghana and The Gambia with subsequent replication in a combined 11,425 individuals. rs4331426, located in a gene-poor region on chromosome 18q11.2, was associated with disease (combined P = 6.8 × 10?9, odds ratio = 1.19, 95% CI = 1.13–1.27). Our study demonstrates that genome-wide association studies can identify new susceptibility loci for infectious diseases, even in African populations, in which levels of linkage disequilibrium are particularly low.
