2012年9月26日 讯 /生物谷BIOON/ --在人类基因组计划的最初阶段，人们的热情高涨。这项计划是昂贵的和费时费力的，但是临床上的益处却是史无前例的。一旦生命的完整蓝图被破解，人类一系列疾病的遗传基础就会被揭示出来，这就允许进行个人定制的诊断与资料，从而在医学领域引发一场变革。或者它只是想象中的。
相反，美国亚利桑那州立大学进化医学与信息学中心主任Sudhir Kumar说，“科学家们在个人基因组编码的全部蛋白中发现了上千个突变，但是却不知道它们是否与健康或疾病相关联。”
Kumar 解释道，科学家们和临床医生利用计算机工具从他们发现的众多突变中筛选有意义的变异体，但是这些工具的准确性可能比较低。
如今，在一项新研究中，Kumar、Li Liu和他们的同事们描述了一种新技术来在这样的测试中降低假阳性率，因而能够增加它们的可靠性。相关研究结果于近期在线刊登在Nature Methods期刊上。
这种被称作EvoD(Evolutionary Diagnosis, 进化诊断)的新技术部分上利用比较基因组学来分析特定人基因变异体可能存在的意义。已证实EvoD在人基因组的蛋白编码区(也被称作外显子组)中进化上最为保守的位点能够发挥着更加好的作用。
就像Liu解释的那样，研究人员对外显子组中的极其保守的位点上发生的突变产生浓厚的兴趣，这是因为这些突变在蛋白质功能上通常发挥着至关重要的作用。在这些高度保守而在进化上很少发生变化的位点因发生突变而导致蛋白功能受损的变异体很可能对健康产生深刻的负面影响，它们经常产生所谓的孟德尔疾病(Mendelian disease)。在诊断这位突变时，EvoD要比现有的方法发挥出更加好的效果。
亚利桑那州立大学进化医学与信息学中心如今将EvoD作为一种在线工具提供给大众，而且基因组研究人员已开始使用它。这种新技术和工具为更加深入地理解基因组变异和探索个人化疾病诊断奠定基础。(生物谷：Bioon.com)
doi: 10.1038/nmeth.2147
PMC:
PMID:
Evolutionary diagnosis method for variants in personal exomes
Sudhir Kumar, Maxwell Sanderford, Vanessa E Gray, Jieping Ye, Li Liu
Each human exome contains thousands of nonsynonymous single-nucleotide variants (nSNVs) that have unknown biological effects. The potential impact of nSNVs on biological function is now routinely assessed using computational methods for application in biomedical research and clinical genome profiling reports. Of the variants receiving a non-neutral (function-damaging) prediction,…
