二、常用荧光标记方法
常用的荧光标记方法可简单分为两大类：1.非特异检测——双链DNA内插式荧光染料；2.扩增序列专一检测——主要指荧光探针和引物探针。荧光染料技术成本低廉，实验设计简便；而探针杂交技术在原理上严格，所得数据特异性高、更为精确。在选择实验方案时要根据实验目的和对数据精度的要求来决定。
非特异性检测扩增序列的代表是SYBR Green I荧光染料。SYBR Green I只与DNA双链结合，插入DNA双链时发出荧光；DNA双链解链时释放出来，荧光信号急剧减弱。在一个加入过量SYBR green 1荧光染料的体系内，其信号强度代表了双链DNA分子的数量。SYBR Green荧光染料法定量PCR的基本过程是：1、开始反应，当SYBR Green染料与DNA双链结合时发出荧光。2、DNA变性时，SYBR Green染料释放出来，荧光急剧减少。3、在聚合延伸完成后，SYBR Green染料与双链产物结合，定量PCR系统检测到荧光的净增量加大。SYBR Green I 的最大吸收波长约为497nm，发射波长最大约为520nm。
荧光染料的优势在于能监测各种双链DNA序列的扩增，无需设计探针，检测简单简便，成本低廉。然而正是由于荧光染料能和任何dsDNA结合，对DNA模板没有选择性，因此它也能与非特异的dsDNA（如引物二聚体）结合，使实验容易产生假阳性信号，引物二聚体的问题目前可以用带有熔解曲线（melting curve）分析的软件加以解决。要想用荧光染料法得到比较好的定量结果，对PCR引物设计的特异性和PCR反应的质量要求就比较高。
荧光探针法是用序列特异的荧光标记探针来检测产物，探针法的出现使得定量PCR技术的特异性比常规PCR技术大大提高。目前较常提及的有TaqMan探针、FRET杂交探针(荧光共振能量传递探针)和分子信标Molecular Beacon。
广泛使用的TaqMan探针法是指PCR扩增时在加入一对引物的同时另外加入一个特异性的荧光探针，该探针只与模板特异性地结合，其结合位点在两条引物之间。探针的5′端标记有荧光报告基团(Reporter, R)，如FAM、VIC等，3′端标记有荧光淬灭基团(Quencher, Q)，如TAMRA等。当探针完整的时候，5′端报告基团经仪器光源激发的荧光正好被近距离的3′端荧光基团淬灭，仪器检测不到5′端报告基团所激发的荧光信号（就是说5’荧光基团的发射波长正好是3’ 荧光基团的吸收波长，因而能量被吸收传递到3’荧光基团而发出其它荧光）。随着PCR的进行，Taq酶在链延伸过程中遇到与模板结合的探针，其5′-3′外切酶活性（此活性是双链特异性的，游离的单链探针不受影响）就会将切割探针，释放5′端报告基团游离于反应体系中，远离3′端荧光淬灭基团的屏蔽，5′端报告基团受激发所发射的荧光信号就可以被探头检测到。也就是说每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。报告信号的强度就代表了模板DNA的拷贝数。
Taqman探针检测的是积累荧光。常用的荧光基团有FAM，TET，VIC，HEX等等。当探针完整的时候，由于3′端的荧光淬灭基团在吸收5′端报告基团所发射的荧光能量，本身会发射波长不同的荧光而导致本底高，因此TaqMan探针近来又有新的发展——TaqMan MGB探针。MGB探针的淬灭基团采用非荧光淬灭基团(Non-Fluorescent Quencher)，本身不产生荧光，可以大大降低本底信号的强度。同时探针上还连接有MGB (Minor Groove Binder)修饰基团，可以将探针的Tm值提高10°C左右。因此为了获得同样的Tm值，MGB探针可以比普通TaqMan探针设计得更短，既降低了合成成本，也使得探针设计的成功率大为提高——因为在模板的DNA碱基组成不理想的情况下，短的探针比长的更容易设计。实验证明，TaqMan MGB探针对于富含A/T的模板可以区分得更为理想。
Taqman探针法已经得到广泛使用，不过有人认为这种技术利用了Taq酶5`—3`外切酶活性，一般试剂厂家只给Taq酶的聚合酶活性定标，没有同时给Taq酶5`—3`外切酶活性定标，不同批号试剂之间会给定量带来差异。另外对探针的熔点温度(Tm)仅要求其高于60°C，这就使不同试剂盒之间的特异性参差不齐，难于做质控检测。
FRET探针是罗氏的专利，又称双杂交探针，FRET探针由两条相邻探针组成，在上游探针的3`端标记供体荧光基团（例如FAM），下游探针的5`端标记受体荧光基团（如Red 640）。当PCR变性时两探针处于游离状态，供体荧光分子受激发产生的荧光因为距离远而不能被受体荧光基团吸收，受体荧光基团不发光，探头就检测不到指定波长荧光。当PCR退火时，两探针同时结合在模板上，供体基团和受体荧光素相邻，供体荧光素受激发而产生的荧光正好被邻近的受体荧光基团吸收而发出另一波长的荧光，检测探头所检测的正是这个受体基团发射的荧光，这个过程称为荧光能量共振传递（fluorescence resonance energy transfer，FRET）。由于FRET探针是靠近发光，所以检测信号是实时信号，而非累积信号。FRET探针由于是双杂交探针，特异性更高，但是成本也比较高。另外还可利用荧光寡核苷酸熔解曲线（melting curve）对与寡核苷酸探针结合的序列进行分析，从中获取有用的信息。常用的荧光基团是：LC-Red640，LC-Red705。
分子信标（molecular beacon）是一类能形成发夹结构(或者叫茎环结构)的探针，序列两末端序列互补（5—8bp左右），中间环一般为15-30个核苷酸长，并与目标序列互补。探针一端标记报告荧光基团，另一端结合淬灭基团，当探针游离呈发夹结构时，结合在其两端的荧光基团距离上接近，报告基团激发的荧光能量被淬灭基团吸收而使检测探头无法检测到。当互补序列出现时，探针与DNA杂交，探针转变成一个开放的线性结构，报告荧光基团与淬灭荧光基团彼此在空间上产生足够的分离，荧光基团脱离了淬灭基团的影响，从而产生可被检测到的荧光。分子信标探针要求特定结构的序列，设计时必须非常仔细——在复性温度下，模板不存在时形能成茎环结构，模板存在时则与模板配对。并非所有模版都能找到合适的分子信标探针序列。
不过这个概念引申出来就产生了荧光标记引物——把荧光基团标记的发夹结构的序列直接与PCR引物相结合，使引物同时起到荧光探针的作用，从而使荧光标记基团直接掺入PCR扩增产物中。蝎子引物(scorpion primers)和Amplifluor引物都是在这个设计的延伸。蝎子引物由分子信标探针与一段引物序列连接而成。在未杂交状态下，探针由于自身配对形成发夹结构，使荧光淬灭。在PCR反应过程中，随着引物的延伸，探针与新合成链上的靶序列进行分子内杂交，发夹结构打开，产生荧光信号。由此荧光信号的变化即可对原始模板进行定性或定量分析。Amplifluor系统使用一个通用的引物，包含一个18碱基的序列(“Z 序列”)，“Z 序列”互补形成发夹结构，并标有荧光基团与淬灭剂。在目标序列的一对特异性引物其中一个5’端加有Z序列，用这对引物扩增目标序列时，通用引物与Z序列配对并进行扩增，发夹结构的打开，使得荧光基团与淬灭剂分离，因此发射的荧光信号的强度与扩增产物的数量成正比。使用这类引物不需要专门设计探针，也不要求模版具有特定的序列，即省了成本又给实验设计提供了宽松的条件。当然由于省略了特异性探针，其专一性不如荧光探针法。
