随着人类基因组的展开，人们也越来越关注于算法的研究。生物信息学的计算的核心是序列的比较。其主要目的是阐明序列之间的同源关系，并且从已知的序列去推算出新序列的结构和功能。人们之所以在算法上大做文章是因为核酸和蛋白质序列的计算，很容易在存储容量和计算时间上超出现代计算机的处理能力。
1. www.bioisland.com.cn/guihua/kjgh/html/4.htm 在生物岛规划--科技发展规划中提到了智能算法研究、设计及计算能行性和复杂性理论和超级数据计算处理中心。
2. http://www.863.org.cn 有一些关于中国863计划的信息，由于863计划中也涉及到一些算法的研究。
4. jcst.ict.ac.cn
5. http://www.ebi.ac.uk/dos/clustalw/ 可以下载Clustalw多序列联配程序。
6. http://www.isrec.isb-sib.ch/ 可以了解一些关于BOXSHADE程序的信息。
7. http://genomecs.mtu.edu 上面有一些关于相邻片断组装程序的算法描述。
8. http://gnomic.stanford.edu/ 上有GenScan程序的算法。
9. http://www-hgc.lbl.gov/ 上有Genie程序的算法描述。
10.http://genome.cbs.dtu.dk/ 上有ECOPARSE的程序算法描述。
11．http://cbil.humgen.upenn.edu/ 上有GeneParser这个关于基于动态规划方法的基因识别程序的算法。
12．ftp://iubio.bio.indiana.edu 上有关于SeqPup的程序。
