当前生物信息业的发展：
生物信息业的商业化部分是为内部的制药研究提供生物软件、计算工具和拥有版权的数据库。生物信息公司为进行全方面的药物开发的生物公司和制药公司提供各种咨询和信息服务。一些生物信息公司为药物的开发提供研究开发的设备，而另一些则只是专门提供软件的开发和咨询。私营的生物信息公司将其业务拓展到各个方面：软件工程，计算工具的开发，咨询，数据库的建立和改进，以及特定的疾病靶目标的研究。按通常的定义，任何生产、开发生物类计算工具、数据库和生物软件的公司都可以被称为生物信息公司。许多大大小小的生物技术和制药公司拥有自己的生物信息部门，多是从原先的生物信息咨询部门或是公司内部使用商业化的数据库和生物信息软件发展而来的。
以下列出的是一些致力于软件、数据库开发和咨询服务的生物信息公司。这些开发基因组和生物信息技术、改良的数据库搜索工具和更加完善的运算方法的公司正在不断增长。当然，还有不少比例的小型生物信息公司。许多大型的制药公司都拥有用于他们专有数据库的特定的生物信息处理系统。以下的生物信息公司的概述都来自于这些公司的主页，另外的信息也可以从这些公司各自的网站上获得。
AlphaGene, Inc.
260 West Cummings Park
Woburn, Massachusetts 01801
Tel: 617-242-5200 Fax: 617-242-2620
e-mail: info@alphagene.com
web site: www.alphagene.com
技术
AlphaGene 是一家从事开发靶基因和靶蛋白发现方法以加速药物开发的功能基因组公司。FLEXTM (全长基因表达技术)是AlphaGene的专利核心技术，用于快速合成、纯化、分析全长的表达基因。AlphaGenomicTM项目中的FLEXTM技术包括：
1] 高质量，高信息量的全长基因的快速生产，其来源是源于正常和疾病个体组织的具有专利权的cDNA文库。
2] 高生产能力的基因芯片技术，可以通过对基因表达的测定以确定是正常还是疾病个体。
3] 对编码参与生化和信号传导系统蛋白的基因家族进行跟踪确定。
4] 高性能的自动化系统可以迅速捕捉分析正常和疾病个体组织中的全长DNA序列。
5] 生物信息学技术方面：利用专有的系统对全长基因进行生物功能预测，以及基因组数据库中结构功能信息与特定疾病条件之间关系的预测。
AlphaGene的生物信息软件产品提供如下功能支持：
1] 一套用于a bar-coded system中收集、储存、可进行信息修复的追踪系统
2] 用于监控文库和序列产品的质量控制系统
3] 内含5‘ 和3‘末端序列和完整全长基因的专有数据库的生物信息软件
4] AlphaGene数据库由一些专有的和公开的运算法则组成，主要用于对重要的基因组特征进行自动化和常规分析。通过内部和外部的数据库进行完整基因、5‘ 和3‘末端序列的同源性比较。
AlphaGene已经确定了一些在Alzheimer疾病、组织缺氧和cAMP激活的神经组织中起调控作用的基因。
Axiom Biotechnologies Inc.
3550 General Atomics Court
San Diego, California 92121
Tel: 619-455-4500 Fax: 619-455-4501
e-mail: pandi@axiombio.com
web site: www.axiombio.com
技术
Axiom开发用于操作处理大量药理学试验数据的信息工具，实验室信息处理系统（laboratory information management system ，LIMS）使得AxiomHT-PS（高产量药理扫描系统）数据的储存、处理、评估更为简易。LIMS系统是建立在ORACLE平台上，专门为进行生物信息学研究的客户定值得。Axiom正在开发处理HT-PS数据的信息分析工具，以鉴定药理上相关的化学框架，得到复杂的药理学数据的趋势走向，并确定一些分泌蛋白的可能功能。HT-PS是一项独特的技术，使得能力和选择性能够在一次自动化的鉴别中就能得到评估，这项技术能通过细胞的即时生物反应来发现复合物的生物活性。这一单一的自动流程通过细胞内盐离子浓度的细微变化，得到复合物活性、能量和选择性方面的功能信息。这些信息可以被用于以天然细胞为基础的试验，得到更多的体内细胞水平的复合物功能。
Axys Pharmaceutical, Inc.
180 Kimball Way
South San Francisco, California 94080
Tel: 650-829-1000 Fax: 650-829-1001
e-mail: david_gennarelli@axyspharm.com
web site: www.axyspharm.com
技术
Axys拥有以工业化基因发现技术和功能基因组技术为基础的基因组研究设备。Axys应用其功能基因组和生物信息技术方面的能力，包括模式生物方面的研究，来阐明基因的功能、发展化学测试试剂以及为制药的研发寻找潜在的具有相当功能的复合物。Axys拥有已建成的网络、数据库管理系统和计算机运算法则以不断提高这些用于遗传信息研究的数据库。
实验室信息处理系统（Laboratory Information Management System ，LIMS），支持设备数据的自动获得，同时也适用于公共生物医药信息的整合。该系统推动了数据的高速获取、实验室数据的智能化存储、实验室资源的优化、实验设计的优化、并行运算的高性能化。另外，LIMS系统也是用于大规模的遗传和物理图谱、连锁分析、序列构建、同源比较、序列比较以及结构预测，该系统还以互联网资源不断的提供最新的数据。
治疗范围包括：呼吸道系统疾病，心血管系统疾病，新陈代谢疾病以及感染性疾病，肿瘤，II型糖尿病，哮喘，骨质疏松症，肥胖症，精神分裂症，抑郁症以及中枢神经系统紊乱。
Base4 Bioinformatics Inc.
6299 Airport Road, Suite 601
Mississauga, Ontario L4V 1N3
Tel: 905-677-0532 Fax: 905-677-1122
e-mail: info@base4.com
web site: www.base4.com
技术
Base4生物信息有限公司是一家为制药及生物技术工业提供综合生物信息服务的供应商，其主要的核心是在数据和知识情报的处理。Base4为大型的数据包开发常规的管理系统。
PharMatrix 是Base4的主要软件，以网上知识资源为基础，满足制药业和生物技术工业的特殊需求。客户利用PharMatrix来处理情报收集、使用、分配和保存。
Base4常规数据库通过其说明书、设计、研发、执行和测试阶段向客户展示其精湛的技术，并最终最大程度的达到客户的目标要求。
Cadus Pharmaceutical Corporation
777 Old Saw Mill River Road
Terrytown, New York 10591
Tel : 914-467-6200 Fax: 914-345-3565
e-mail: info@cadus.com
web site: www.cadus.com
技术
其最主要的技术核心是G蛋白耦联受体和相关的信号传导途径，Cadus发明了其专有的测试系统以确定某些复合物潜在的治疗活性。Cadus的药物发现技术充分利用了酵母和人类基因组的相似性，并使用酵母细胞作为测试平台。这项技术已经被转化到拥有4种专利药物发现技术的商业平台上，以弥补现有药物发现技术的不足，同时也可以充分利用人类基因组计划的最新发现。
自我选择组合文库（Self Selecting Combinatorial Library ，SSCLTM ）是一种以酵母为基础的产品，可以用来检测一些没有已知配体或是功能不明的新的G蛋白偶联受体的基因。Cadus 将带有连接肽表达文库的孤独受体（orphan receptor）插入特有的酵母系统，以确定哪种配体激活了孤独受体。当配体被确定后，他们用配体去研究孤独受体作为药物靶的可能性。
Cadus用于内部的和外部合作的治疗范围包括：炎症，肠胃不适，过敏，哮喘，心血管病以及代谢疾病。
Cellomics, Inc.
635 William Pitt Way
Pittsburgh, Pennsylvania 15238
Tel: 412-826-3600 Fax: 412-826-3850
e-mail: cellomics@cellomics.com
web site: www.cellomics.com
技术
Cellomics的主要技术是一种细胞水平上的综合性的检测平台，包括专有的高通量的检测系统，荧光试剂和生物信息学软件。CellomicsTM是用于优化药物开发的数据库。
CuraGen Corporation
555 Long Wharf Drive
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 1-888-GENOMICS Fax: 203-401-3333
e-mail: info@curagen.com
web site: www.curagen.com
技术
CuraGen拥有的高度整合的基因组程序是被设计用来获取一些全面的信息，其中有关于基因表达的(GeneCalling)，有关于生物途径的(PathCallingTM)，有关于潜在的药物的(HitCallingTM )，以及药物反应的(Pharmacogenomics)。可以通过GeneScape生物信息系统从互联网进入CuraGen的虚拟实验室和专有数据库。
该公司同时也致力于在CNS、糖尿病、自身免疫紊乱、癌、感染以及心血管疾病的药物开发。
Genaissance Pharmaceuticals
Five Science Park
New Haven, Connecticut 06511
Tel: 203: 773-1450 Fax: 203-562-9377
e-mail: info@genaissance.com
web site: www.genaissance.com
技术
Genaissance是一家药物基因组公司，他承诺进行私人化药物的开发工作。每一种基因在病人群体中都有许多的变异体和突变体，每一个都可以成为药物的作用靶。该公司正在开发这些基因的变异体，用于探求新的治疗靶位点和相关的主要作用物。Genaissance依靠其在综合的遗传信息、医学信息学和数据分析工具上的全面的生物信息学平台，正在试图发现人类遗传漂变和临床治疗结果之间的显著相关性。
Genaissance生物信息学平台是建立在综合的群体信息的基础上，包括治疗靶位点的遗传漂变（单倍体），临床数据和生物学数据（功能和连接试验）。其专有的将基因变化信息同治疗、疾病进行相关分析的分析工具正在开发中。Genaissance DecoGenTM浏览器提供了在相关数据库中进行查询、获取结果和进行分析的功能。Genaissance拥有可用于同外部制药伙伴进行高速、安全、秘密的信息交流的连接网络。
GENE LOGIC, INC.
708 Quince Orchard Road
Gaithersburg, Maryland 20878
Tel: 301-987-1700 and 510-649-3444 Fax: 301-987-1701
e-mail: spush@genelogic.com
web site: www.genelogic.com
技术
GENE LOGIC是一家从事基因组开发的公司，主要发展差异表达数据库和管理、整合基因组数据库的软件。
Gene Logic的专利产品包括用来进行新的药物作用靶开发的数据库，新药主导作用的鉴定技术，以及用于将生物信息管理和整合进药物开发流程的综合型的生物信息系统。
READSTM可以得出基因表达的整体轮廓，提供了关于所有基因在组织样品中表达的大量信息。READS可以分辨出在疾病的发生和发展阶段，基因表达上的变化。Flow-thru ChipTM是通过新药对于基因表达影响来确定起作用功能的一种技术。
Data Logic 是Gene Logic在加州伯克利的分部，主要开发数据处理工具。面对协议模式(Object-Protocol，OPM)是一种允许用户确定其数据库结构的面向对象的数据模式，它有助于利用商业化的相关数据库处理系统（如Oracle 和Sybase）进行新数据库的快速研发。
Genome Therapeutics Corporation
100 Beaver Street
Waltham, Massachusetts 02154-8440
Tel: 781- 398-2300 Fax: 617 893-9535
e-mail: webster@genomecorp.com
web site: www.genomecorp.com
技术
Genome Therapeutics的生物信息项目包括：基因靶位点的确定，主导基因的确定（高生产能力的基因剔除），蛋白表达和纯化，以及生物鉴定的开发。他们的Pathogen Genomics（病原体基因组）技术可以用于确定重要的与医药相关的细菌和真菌的DNA序列。
Genome Therapeutics的用于基因表达研究和功能分析的疾病基因开发工具可以快速的确定在病理上起作用的基因。PathoGenome数据库是以微生物基因组信息为主的商业化的综合数据库，提供了关于重要的微生物和真菌的数量空前的信息，这些序列信息十分的有序，同时有一些重要的评注。他们还为客户定制面向专门的生物信息软件的数据库。
Genome Therapeutics主要研究的疾病包括：骨质疏松症，哮喘，精神紊乱，以及肿瘤学。
Genset S.A.
24, rue Royale 75008 Paris FRANCE
Tel: +33 1 55 04 59 00 Fax: +33 1 55 04 59 29
e-mail: info@genxy.com or investors@genset.fr
web site: http://www.genxy.com
U.S.A. Subsidiary:
Genset Corporation
875 Prospect Street, Suite 206
La Jolla, California 92037
Tel: 619-551-3000 Fax: 619-551-3001
技术
Genset是一家全球性的基因组公司，主要运用其专有的高产量的基因组技术平台帮助进行疾病和药物反应中的基因的开发。这个平台是以大范围的绘图、测序、基因分型、多态性分析为基础的。另外，Genset利用艺术级的生物信息和生物统计工具处理它内含专有的基因组信息的庞大的数据库，后者中的信息是用于确定和复杂性状相关的标记和基因的。公司中生物信息学和生物统计方面的联合团队，已经开发了用于确定与常见疾病和药物反应相关的单核苷酸多态性、全长基因序列的计算工具。
Genset在前列腺癌和精神分裂的致病基因的研发上有自己的战略伙伴，整个项目包括了如下疾病：癌症、CNS紊乱症、心血管疾病、骨质疏松症和肥胖症。
在开发与药物反应及副作用相关的新标记和基因的生药学研究中，Genset是其中的先锋，它与其战略伙伴在确定肝毒素症、哮喘的相关标记和基因的研究中互相合作。
Human Genome Sciences, Inc.
9410 Key West Avenue
Rockville, Maryland 20850
Tel: 301-309-8504 Fax: 301-309-8512
e-mail: info@hgsi.com
web site: www.hgsi.com
Human Genome Sciences利用其专有的高产量的基因发现能力以及功能测试技术，进行新发现基因在药理学方面的功能研究。通过区分细胞活化和发展的
